El Museu de la Mediterrània és un organisme autònom de l’Ajuntament de Torroella de Montgrí. Per tant, gaudim d’autonomia d’actuació per acomplir la nostra missió.
El president de l’organisme autònom és l’alcalde o l’alcaldessa de Torroella de Montgrí i L’Estartit. Tanmateix, el bon govern i administració del Museu de la Mediterrània recau en la Junta de Govern, formada pel president/a de l’organisme, el o la regidora de cultura, el o la directora del centre i un membre del Consell de Can Quintana, un òrgan consultiu.