Sant Climent Sescebes és un municipi de l’Alt Empordà, que comprèn una bona part de la vall mitjana de la riera d’Anyet, que el creua de nord a sud. Té una superfície de 24’46 km2 i es troba a una altitud mitjana de 82 m sobre el nivell del mar. Comprèn el poble de Sant Climent Sescebes, els veïnats de Vilartolí i d’Ullastre i les masies de Rebulls i dels Solers, amb l’antiga església de Santa Fe dels Solers.
Limita al nord amb l’antic municipi de Requesens, avui terme municipal de la Jonquera, a l’est amb Espolla, al sud-est amb Mollet de Peralada, al sud amb Masarac, a l’oest amb Capmany i al nord-oest amb Cantallops. Està situat en una cruïlla de camins: només a 6 quilòmetres de la N-II, i sobre la carretera que, paral·lela a la serralada de l’Albera, va d’aquesta via principal fins a Roses. Equidista 18 quilòmetres de dues sortides de l’autopista AP-7: Figueres (sortida 4) i La Jonquera (sortida 2), dues vies que les comuniquen amb l’eix viari Perpinyà-Figueres-Girona-Barcelona.
Orogràficament Sant Climent es troba als darrers contraforts de la serralada de l’Albera, i com a tal amb pujols que giravolten els 300 metres, destacant el “Corral d’en Comas” (413 metres) al costat de la Serra de Mirapols, Santa Fe i la Serra Llarga, i inicia la plana empordanesa, amb els plans de la Comillana, La font i l’Horta.
L’Anyet, que neix al “Pic dels Termes” (1.116 m) just a la ratlla fronterera, és una riera afluent de l’Orlina, que és afluent del Llobregat, el riu que acaba desembocant a la Muga. La majoria de l’any és poc cabalosa, encara que periòdicament, especialment a la tardor, experimenta puntuals crescudes. Hi ha diferents torrents, com “La pixanera” , el “Còrrec d’en Cabanes” o el d’”Ullastre”, i zones humides – només en l’època de pluges- als estanys d’en Pous, d’en Massot, d’en Cusí i dels Torlits.